Setelah Persibangga Purbalingga lolos ke 16 besar Liga 4 Nasional, Persak Kebumen menyusul. Persak tetap lolos ke babak 16 besar sekalipun kalah 0-1 dari Pasuruan United.
Sementara dua wakil Jateng lainnya yakni Persiharjo Sukoharjo dan Persebi Boyolali tersingkir. Dua teratas klasemen akhir grup Q sampai X berhak lolos ke babak 16 besar. Adapun hasil laga pada Selasa (16/6/2026) adalah sebagai berikut:
Persid Jember 1-0 Persiharjo Sukoharjo
Pasuruan U 1-0 Persak Kebumen
Persada 2-1 Persebi Boyolali
Persigar Garut 0-0 Persepam Pamekasan
Wamena United 3-0 Celebest FC
Persikoba Kota Batu 1-1 Persemay Maybrat
Porsiba 1-0 Persiker
Persipani Paniai 2-1 Persinga Ngawi
Klasemen Babak 32 Besar Liga 4 Nasional
Klasemen Akhir Grup Q
| No | Tim | Main | Menang | Seri | Kalah | Selisih Gol | Nilai |
| 1 | Persibangga | 3 | 2 | 1 | 0 | 7-6 | 7 |
| 2 | Pesik | 3 | 1 | 1 | 1 | 4-4 | 4 |
| 3 | Persemar | 3 | 1 | 0 | 2 | 7-6 | 3 |
| 4 | Cimahi United | 3 | 1 | 0 | 2 | 3-8 | 3 |
Klasemen Akhir Grup R
| No | Tim | Main | Menang | Seri | Kalah | Selisih Gol | Nilai |
| 1 | Wahana | 3 | 2 | 0 | 1 | 4-2 | 6 |
| 2 | 757 Kepri | 3 | 1 | 1 | 1 | 3-2 | 4 |
| 3 | Makassar City | 3 | 1 | 1 | 1 | 3-3 | 4 |
| 4 | PS Badung Bali | 3 | 1 | 0 | 2 | 3-6 | 3 |
Klasemen Akhir Grup S
| No | Tim | Main | Menang | Seri | Kalah | Selisih Gol | Nilai |
| 1 | Persikotas | 3 | 2 | 1 | 0 | 4-2 | 7 |
| 2 | Persma | 3 | 1 | 1 | 1 | 1-1 | 4 |
| 3 | PSP | 3 | 1 | 1 | 1 | 2-2 | 4 |
| 4 | Persimaju | 3 | 0 | 1 | 2 | 1-3 | 1 |
Klasemen Akhir Grup T
| No | Tim | Main | Menang | Seri | Kalah | Selisih Gol | Nilai |
| 1 | Unaaha | 3 | 3 | 0 | 0 | 7-3 | 9 |
| 2 | PSN Ngada | 3 | 2 | 0 | 1 | 9-3 | 6 |
| 3 | Persenga | 3 | 1 | 0 | 2 | 5-6 | 3 |
| 4 | MRC | 3 | 0 | 0 | 3 | 2-11 | 0 |
Klasemen Akhir Grup U
| No | Tim | Main | Menang | Seri | Kalah | Selisih Gol | Nilai |
| 1 | Wamena U | 3 | 2 | 1 | 0 | 7-1 | 7 |
| 2 | Celebest | 3 | 1 | 1 | 1 | 2-4 | 4 |
| 3 | Persada | 3 | 1 | 0 | 2 | 2-5 | 3 |
| 4 | Persebi | 3 | 0 | 2 | 1 | 3-4 | 2 |
Klasemen Akhir Grup V
| No | Tim | Main | Menang | Seri | Kalah | Selisih Gol | Nilai |
| 1 | Persipani | 3 | 3 | 0 | 0 | 7-4 | 9 |
| 2 | Persinga | 3 | 2 | 0 | 1 | 6-2 | 6 |
| 3 | Porsiba | 3 | 1 | 0 | 2 | 4-6 | 3 |
| 4 | Persiker | 3 | 0 | 0 | 3 | 0-5 | 0 |
Klasemen Akhir Grup W
| No | Tim | Main | Menang | Seri | Kalah | Selisih Gol | Nilai |
| 1 | Persepam | 3 | 1 | 2 | 0 | 1-0 | 5 |
| 2 | Persigar | 3 | 1 | 2 | 0 | 1-0 | 5 |
| 3 | Persemay | 3 | 0 | 2 | 1 | 1-2 | 2 |
| 4 | Persikoba | 3 | 0 | 2 | 1 | 1-2 | 2 |
Klasemen Akhir Grup X
| No | Tim | Main | Menang | Seri | Kalah | Selisih Gol | Nilai |
| 1 | Pasuruan U | 3 | 1 | 2 | 0 | 2-1 | 5 |
| 2 | Persak | 3 | 1 | 1 | 1 | 2-2 | 4 |
| 3 | Persid | 3 | 1 | 1 | 1 | 2-2 | 4 |
| 4 | Persiharjo | 3 | 0 | 2 | 1 | 1-2 | 2 |
- Peringkat satu dan dua lolos ke babak 16 besar
